叔父ハロルドの不在中、PCに触れてしまった少女ララ。そこにはララにとって憧れの詩人エマ・ウィーランドの描いた『黄昏の碑文』の世界が広がっていた。世界を救う伝説の魔女としてログインできたことに喜ぶララだったが、やがて現実世界に戻れなくなってしまったことに気付く。さらに世界は"波"による崩壊寸前の危機を迎えていた。世界を救うにはどこかに眠る「夕暮れ竜」を探すしかない。『.hack』最初の謎「黄昏の碑文」がここに。