時は31世紀初頭、海王星の軌道付近において、宇宙船ゴライアス号は奇妙な漂流物を発見、回収した。だがそれこそ、はるか一千年前、HALの陰謀によって宇宙船ディスカバリー号から放擲された副長フランク・プールその人であった!やがて地球の軌道都市「スター・シティ」に運ばれ、蘇生させられたプールは、驚嘆すべき科学的進歩にとまどいを隠せなかった-手を触れあうだけでたがいに情報を交換する人びと、とてつもない情報量を瞬時に脳から脳に伝達することも可能なブレインキャップ、慣性場を利用した超高速宇宙エレベーター、高さ三万六千キロの摩天楼最上階の庭園で庭師をつとめる恐竜ラプトル…。だが、こうした驚異を満喫する日々にもやがて終わりが訪れた。ゴライアス号船長から、ガニメデへの旅に誘われたのである。かつて木星の名で知られていた世界には、フランク・プール中佐がやり残した仕事が待っているのだ、そしてかつての僚友デイブ・ボーマンも…。