アラスカの孤島にある核廃棄施設で、訓練中の次世代特殊部隊フォックスハウンドが蜂起、要求が受け入れられなければ核を使うと米政府に通告してきた!キャンベル大佐によって、単独潜入を命じられた元隊員のソリッド・スネーク。彼はそこで、メタルギアREXが開発されていたことを知る。蜂起の首謀者リキッドとは何者なのか?任務に隠された秘密とは?果して、ソリッド・スネークは核ミサイル発射を阻止できるのか。