地球では…悪の軍団"デストロン"が現れ、ニューヨークは破壊大帝メガトロンとその仲間たちに侵略されていた。正義の戦士"サイバトロン"との戦いについに勝利した彼らは、ニューヨークの住民たちに容赦なく襲いかかる。アメリカ軍はたちまち駆逐され、その脅威が世界中に広がるのも時間の問題だった。惑星セイバートロンでは…一敗地にまみれたサイバトロンの戦士たちが身を隠していた。エネルゴンの蓄えも残り少なく、惑星を徘徊するおぞましい"スワーム"に慄く日々…。固い絆で結ばれたはずの彼らにも、不協和音が広がっていた。だが、まだ望みはあった。地球では、特命を受けた兵士スパイク・ウィトウィッキーが、ニューヨークに残る人々と共に、デストロンへ一矢報いようとしていた。セイバートロンでも、頼もしい仲間が現れ、サイバトロンの戦士たちの心を奮い立たせた。彼らは、もう一度立ち上がることができるのか…!?