21世紀初頭、全世界に蔓延したウイルスにより、人類は死滅寸前にあった。地表をおおいつくした死のウイルスをさけ、密閉された地下都市で生活するわずかに生き残った人々。科学者たちは、ひとりの男に人類が生きのびるための一縷の希望を託して、鍵を握る時代-すべてがはじまった1996年へと送りこんだ。そこで彼がつかんだ巨大な謎…"12モンキーズ"とは?知られざる兵器か?秘密の軍隊か?それとも…。