日本を二分する大戦「鳥羽伏見の戦い」勃発。土方たちも旧幕府軍側として参戦を決める中、新撰組に激震が走る。近藤勇と沖田総司の離脱。新撰組を近藤から託され、局長代理となった土方は“錦の御旗”を掲げる新政府軍との闘いに突入していく。