マグル(人間)界では、不可解な事件が続発する。そして、魔法省の高官が次々に惨殺され、杖作りたちが行方不明になる。魔法大臣も、闇の帝王の復活が原因であることを、ついに認めざるを得ない。6年目を迎えたホグワーツで、ハリーはダンブルドアの個人授業を受けることになった。そして、「闇の魔術に対する防衛術」の教師になったのは、驚くべき人物だった。一方、宿敵ドラコ・マルフォイは何らかの使命を受け、校内で怪しい行動をとりはじめていた。