伝説の魔術師が記した、天使を召喚することができるという驚異の魔道書『法の書』が、解読法を知るシスターと共にさらわれた。学園都市でぼけーっと日常を過ごしていた上条当麻には、それはまったく関係ない出来事-のはずだったのだが、"不幸"にも何故かその救出作戦に加わることに…。しかもさらった犯人は『天草式十字凄教』、つまり神裂火織が女教皇を勤めていた宗派だというのだ…!インデックスが所属する『イギリス清教』、今回の依頼主の『ローマ正教』、そして神裂火織がかつてトップにいた『天草式』。三つの魔術組織が上条当麻と交差するとき、物語は始まる-!