通常では捜査の対象にならない"特殊"な事件を取り扱う、警視庁公安部公安第五課未詳事件特別対策係、通称ミショウ。そこに所属する奇妙な女性捜査官・当麻と、とある事件がきっかけでミショウに左遷されてきた敏腕刑事・瀬文が、通常の人間の能力や常識では計り知れない特殊能力「SPEC」を持つ犯罪者に立ち向かう。