自らの出生の謎を追い求めて、アキトとともにスウェーデンに降り立ったルリ。そこでルリが見たのは、灰色の部屋とコンピューターの両親だった。呆然とするルリだが、木星蜥蝪の攻撃に遭いアキトとナデシコに戻る。そんなある日、ナデシコ艦内に木星蜥蝪が侵入した。ミナトとルリが遭遇するが、「木星蜥蝪」もまた人類だったのだ。白鳥九十九と名乗った男と二人は行動をともにする。そして、彼の口から恐るべき真実が語られた。