地底の女王・アインシュテルツェン博士が待つ地下施設の最奥に足を踏み入れたハイネとバドー。自らが生まれ、兄弟を喪った地でハイネが目にしたものは!? そしてバドーの過去にも博士に連なる因縁が…。一方、別ルートで施設に向かう直刀の前にも博士の“複製"とフリューリングが現れる。乱戦のなか明かされる直刀の出生の真相とは…!?