元新選組副長・土方歳三らの活躍により箱館を掌握した旧幕府軍は、蝦夷政府を立ち上げる。その中には、家臣に殺された父の仇討ちに燃える娘の姿があった。一方、和菓子職人・小野屋藤吉は、蝦夷政府から戦の携行食として、食べたこともないパン作りを依頼されるのだが-。知られざる箱館戦争を描くシリーズ第二弾。