長い間、デイビッド・ウェブのなかに眠っていた暗殺者ジェイスン・ボーンが、蘇った。ボーンは20年前、ベトナムで、特殊暗殺部隊メドゥーサに暗殺者として養成された。あらゆる非合法活動を働き、巨万の富を得たメドゥーサのメンバーは、政界、経済界に幅を利かせ、その資金と権力にものをいわせ、世界経済を牛耳ることを目論んでいた。ボーンは部隊のことを知りすぎていた。が、彼にとってそんなことはどうでもよかった。ジャッカルを消さなければ"デイビッド・ウェブ"たちに安住の地は永遠に訪れない。蘇った暗殺者ボーンと宿敵ジャッカルの究極の戦いが始まる。