漆黒の佩刀を抜き放つ吾妻。その眼前に立つ男が、喉をふるわせると無数の狼が疾駆し、吾妻に襲いかかる。「しゃらくせぇ」吾妻は叫び、妖刀・朱鴉をふるう。刺客・大神と吾妻との激闘の火蓋が切って落とされた…。ついに合流した火の一族・亜衣、志野、珠洲と小太郎・吾妻。しかし、彼らの前に、真田より放たれた新たなる刺客獣幽士の猿飛と大神が立ちはだかる。一方、景虎の勅命を受け、静かに動き始める清瑞。神器を巡る争いはますます混迷していくのだが…。バトル・ニンジャ・ファンタジー第三弾。