人類がカトリック教会、パクスの支配下におかれた32世紀。惑星ハイペリオンの青年エンディミオンは、老詩人サイリーナスの依頼で"時間の墓標"から現われた少女アイネイアーをパクスの手から守りぬき、地球にたどりついた。それから4年、アイネイアーは、人類の救世主たる自らの使命を果たすべくパクス支配領域への帰還を決意する。そして彼女と行動をともにしてきたエンディミオンもまた新たな冒険へと旅立つが…。