マグル(人間)界では、不可解な事件が続発する。魔法大臣も、闇の帝王の復活が原因であることを、ついに認めざるを得ない。ハリーは6年目を迎えたホグワーツで、ダンブルドアの個人授業を受けることになった。一方、宿敵ドラコは何らかの使命を受け、校内で怪しい行動をとっている。「魔法薬学」の授業では、急に優等生になったハリー。その秘密は、『半純血のプリンス』と署名された古い教科書だった。