これだけは信じてほしい。我々はここに理想の都市を築こうとしたのだ。戦争とも貧困とも無縁の楽園を……どこで、違えてしまったのか……今明かされる、NO.6の破壊と創造の物語矯正施設の地下深くへ辿りついた紫苑は、ネズミの過去を知る長老から、NO.6が犯した侵略と虐殺の歴史を聞かされる。聖都市を待ち受けるのは、破滅か、それとも救いか――最後の闘いをかけて、運命の扉が開かれる。