日本ジャンボ機によるカミカゼ攻撃で崩壊した国会議事堂とともに、合衆国政府首脳は全滅した。呆然としながらも、二度目の建国という途方もない重責を果たす決心をしたライアン新大統領。一方イラン最高指導者ダリアイは、大統領が暗殺されて無政府状態となったイラクに侵攻し、イスラム連合共和国を作り上げた。最大の危機に見舞われた祖国を救うために、ライアンは孤軍奮闘する。