カリブのトランクイリティ島でジャッカルを取り逃したジェイスン・ボーンは、決死の覚悟でジャッカルの本拠地パリに飛んだ。KGBで訓練を受けたベネゼラ出身の革命家ジャッカルことカルロスは、テロ活動で莫大な金を手に入れていたが、いまだいかなる名誉も授けられたことはなかった。カルロスは激しく軋む己のエゴを満足させるためになんとしてもジェイスンに勝つ必要があった。ふたりの暗殺者は相手を抹殺するためには手段を選ばない。罠を掛けあい、互いに恐怖に追い詰める。舞台はパリからモスクワ、ソビエトの機密都市ノブゴロドへ。ついに13年にわたる対決の決着をつけるときが来たのだ。